جایگاه معاونت
اهمیت پژوهش در موضوعات احکام فقهی و اهتمام بنیان‌گذاران مؤسسۀ موضوع‌شناسی احکام فقهی، خود گویای جایگاه و وظایف معاونت پژوهشی در تبیین مسائل موضوع‌شناسی، تعیین مصادیق احکام، تولید علم و گسترش دانش موضوع‌شناسی در عرصۀ فقه، ارتقای جایگاه موضوع‌شناسی در بین موضوعات فقهی، تولید مبانی و اصول موضوع‌شناسی، کاربردی کردن دانش موضوع‌شناسی برای رفع نیاز جامعۀ هدف است. سیاستگذاری، برنامه‌ریزی و هدایت کلیۀ امور مربوط به فعالیت‌های پژوهشی و نوآوری بر عهدۀ این معاونت می‌باشد. مؤسسه پنج گروه علمی با عنوان‌های حقوقی ـ عبادات، اقتصادی، فرهنگی ـ اجتماعی، پزشکی ـ تغذیه و بنیادین را سامان داده که پژوهش‌های موضوع‌شناسی در همین گروه‌ها با نظارت معاونت پژوهش به بار می‌نشیند.
شورای پژوهش، شورای مدیران و کتابخانه از زیرمجموعه‌های این معاونت و تصویب نهایی آیین‌نامه‌های پژوهشی، تعیین خط‌‌مشی‌ها و ایجاد هماهنگی‌های لازم میان گروه‌ها نیز فعالیت‌های دیگر این معاونت هستند.